Сейчас он находится в СИЗО в Азербайджане, где обвиняется в участии в деятельности незаконных вооруженных формирований и финансировании терроризма. Вопросы премьер-министра Армении Никола Пашиняна касательно отказа от гражданства и переезда были переданы Варданяну через его семью. На пресс-конференции 31 августа Пашинян обратился к Варданяну с вопросами о том, каким образом произошел отказ от гражданства и кто стоял за его переездом в Нагорный Карабах. Ранее адвокаты Варданяна обратились в ООН с обвинениями в адрес правительства Азербайджана из-за предполагаемых пыток.