У Гончарова возбуждено уголовное дело по статье 286 УК РФ («Превышение должностных полномочий»). Это дело связано с деятельностью бывшего министра сельского хозяйства региона Константина Рачаловского, в отношении которого также возбуждено уголовное дело по аналогичному обвинению. Рачаловский, будучи в должности, знал о финансовых проблемах некоторых предприятий и приказал своим подчиненным выделить субсидии из федерального и областного бюджетов. В результате этих действий получатели субсидий оказались банкротами, а 155,2 миллиона рублей были украдены.