В настоящее время для данного комплекса выпускается не менее семи модификаций ракет с различными типами боевых частей, включая осколочно-фугасные, кассетные и специальные варианты. Особенно популярной является модификация 9М723-1Ф2. Согласно публикации, Минобороны России закупило более 770 ракет 9М723-1Ф2 по цене 192 миллиона рублей (2,4 миллиона долларов) за штуку. Новая модификация 9М723-1Ф4 отличается усовершенствованной схемой взрыва и поражения осколками, что повышает ее эффективность при поражении больших целей. В августе госкорпорация «Ростех» сообщила, что российский оперативно-тактический ракетный комплекс (ОТРК) «Искандер» способен наносить комбинированные удары. В июле того же года госкорпорация отметила, что ОТРК способен эффективно поражать различные цели противника.