Причиной этого стало невозможность Boeing 737-9GP справиться с навигационными характеристиками, что привело к недостаточной надежности и точности для данного этапа полета. Возможными причинами являются неисправности оборудования на борту, проблемы с приемом сигналов от навигационных устройств на земле и т.д. Перед возвращением в аэропорт самолет находился в воздухе 1,5 часа и уже успешно приземлился. Также стало известно, что вылет самолета авиакомпании EgyptAir из Москвы в Хургаду задержался на почти сутки из-за поломки борта, что было объявлено пассажирам в момент посадки. После задержки их разместили в отеле, а новое время вылета было назначено на 20:00 по московскому времени.