Федоров обвиняется по статье 160 Уголовного кодекса Российской Федерации за присвоение и растрату денежных средств. По версии следствия, вместе со своим заместителем он разработал незаконную схему выплат подчиненным, что позволило им присвоить себе более 18 миллионов рублей с февраля 2022 года по июнь 2024 года. Федоров и его заместитель были задержаны 8 июля, а 10 июля ректора БФУ арестовали до 8 сентября. 16 июля защита ректора подала апелляцию на его арест.