По информации издания «Царьград», Иларион неоднократно встречался с главой Ватикана и даже называл папу Франциска старым знакомым. Отмечается, что в прошлом он активно содействовал обмену студентами между православными и католическими духовными школами. В декабре 2023 года папа Франциск принял декларацию, предписывающую благословлять однополые пары, что вызвало критику со стороны Илариона. После скандала с обвинениями в домогательствах со стороны бывшего келейника Георгия Сузуки возникли теории о том, что отставка была наказанием от Ватикана за критику документа. Синод РПЦ принял решение освободить митрополита Илариона от управления епархией и направить его служить в другой храм. В журнале синода отмечается несоответствие поведения Илариона образу монаха и священнослужителя, а также его частые поездки на горнолыжные курорты и яхт-туры.