Информация о его связях с организованной преступностью опубликована в учебном издании «Организованная преступность Дальнего Востока: общие и региональные черты», выпущенном в 1998 году Дальневосточным госуниверситетом. Николаев не опровергает эти данные. В настоящее время Ленинский суд Владивостока рассматривает иск Генпрокуратуры о конфискации активов экс-мэра на сумму 6,5 миллиарда рублей, которые, по мнению ведомства, были незаконно изъяты из муниципального имущества города. Николаев возглавлял администрацию Владивостока с 2004 по 2008 год. В отношении него было возбуждено несколько уголовных дел, в том числе за угрозу убийством и злоупотребления на посту мэра. После отбытия наказания Николаева амнистировали, но он покинул страну и был объявлен в розыск. Через два года его задержали и вернули на родину.